25 Ağustos 2009 tarihinde Gümülcine'de bulunan Medrese-i Hayriye'nin tabelasında yer alan "Hayriye" ifade kaldırıldı. Birlik'in haberine göre 2009 yılı yaz mevsiminde tadilat yapılan Medrese-i Hayriye'nin tadilat sonrası asılan yeni tabelasından "Hayriye" kelimesi çıkartılmış, okulun ismi Gümülcine Medresesi olarak değiştirilmiştir. 1974 Albaylar Cuntası ile Yunanca ve Osmanlıca olmak üzere iki dilde Gümülcine Hayriye Medresesi olarak yazılı olan tabeladan önce Osmanlıca çıkartılmış, tabelada okulun ismi yalnızca Yunanca olarak Gümülcine Hayriye Medresesi (İerospudastirio Hayriye Komotinis) olarak yazılmıştır. Şimdi de okulun ismi yalnızca Yunanca dilinde Gümülcine Medresesi olarak tabelada yazılıdır.
1948'e dek Softalar Medresesi olarak bilinen okul binasında 1949 yılında Gümülcine Müftülüğü tarafından din görevlisi yetiştirmek amacı Medrese-i Hayriye faaliyete geçmiştir. Kavala'da bulunan Medrese-i Hayriye'nin adını yaşatmak amacı ile aynı isimle Gümülcine'de kurulan Medrese, üç yıllık okul olarak eğitimine başlamış, ancak resmi bir statüye kavuşturulması konusunda problemler yaşanmıştır. 1968 yılında Selanik Özel Pedagoji Akademisi(SÖPA)'nin kurulması ile Medrese-i Hayriye, SÖPA'ya öğrenci yetiştiren bir kurum halini almıştır. Asıl amacı olan din görevlisi yetiştirme işlevini kaybeden Medrese-i Hayriye'nin 1999 yılında resmi gazetede statüsü ve dersleri belirlenmiş, Medrese altı yıl eğitim süresi ile orta-lise seviyesine yükseltilmiştir.
Konu ile ilgili olarak Avrupa Batı Trakya Türk Federasyonu(ABTTF) Başkanı Halit Habipoğlu, "Gümülcine'de bulunan Medrese-i Hayriye'nin adının herhangi bir açıklama yapılmaksızın ya da gerekçe gösterilmeksizin değiştirilmesi kabul edilemez bir durumdur. Medrese, Batı Trakya Türk Azınlığı'na ait bir okuldur. Dolayısı ile okulun tabelasında yazıldığı üzere isminde yapılacak herhangi bir değişiklik bahsekonu olamaz. Medrese-i Hayriye ismi Gümülcine Müftülüğü tarafından okula verilmiş bir isimdir. Medrese-i Hayriye, din adamı yetiştirmek amacı ile kurulmuş bir okul olmak yerine bugün SÖPA'ya öğrenci yetiştiren bir okul konumunda olması itibari ile kuruluş amacı tahrip edilmiş bir okuldur. Bu nedenle isminde değişiklik yapılması Medrese-i Hayriye için gelinen son noktaya da işaret etmektedir. Dolayısı ile isim değişikliğine Batı Trakya Türk Azınlığı'nın tepki göstermesi gerekmektedir" açıklamasında bulundu.
